Al-Qur’an merupakan sumber ilmu bagi umat Islam baik di dunia maupun di akhirat. Kuntowijoyo sebagai seorang filusuf Islam mempunyai pandangan mengenai Al-Qur’an sebagai sumber ilmu dan bagaimana integrasinya terhadap sains sehingga ilmu di dunia Islam tidak tertinggal zaman. Tujuan penelitian ini adalah untuk emengetahui bagaimana pemikiran Kuntowijoyo terhadap Al-Qur’an sebagai sumber ilmu dan bagaimana konsep integrasi ilmu sains dan ilmu Islam yang dimiliki oleh Kuntowijoyo. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan metode studi literatur. Data didapat dari kajian-kajian tentang pemikiran Kuntowijoyo yang ditulis di artikel maupun-buku-buku. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Kuntowijoyo memandang pesan dalam Al-Qur’an menjadi 2 bagian. Bagian pertama adalah konsep-konsep dasar dengan banyak istilah yang merujuk pada nilai normatif, doktrin etik, dan aturan-aturan legal serta ajaran-ajaran keagamaan pada umumnya. Adapun bagian keduanya adalah kisah-kisah historis atau amtsal. Menurut Kuntowijoyo, adanya kisah-kisah di dalam Al-Qur’an dimaksudkan untuk mengajak para pembacanya untuk merenungkan kebijaksanaan yang terkandung sehingga dapat diimplementasikan di kehidupan zaman sekarang. Adapun dalam integrase ilmu agama dan ilmu sains, Kuntowijoyo mempunyai konsep Ilmu Sosial Profetik (ISP), yang fokus terhadap 3 hal yaitu humanisasi, liberasi, dan transendensi.
