Kondisi stunting pada balita, disebabkan oleh kurangnya asupan gizi dan infeksi kronis, merupakan masalah serius di negara-negara berpenghasilan rendah. Penelitian ini bertujuan menerapkan Metode Certainty Factor dalam sistem pendukung keputusan untuk intervensi stunting. Pendekatan ini memanfaatkan logika fuzzy untuk menghitung dan mengevaluasi faktor-faktor ketidakpastian dalam intervensi stunting pada balita. Metode ini berhasil memberikan tingkat akurasi yang signifikan, mencapai 83% berdasarkan enam data diagnosis preferensi stunting yang diuji. Studi ini menunjukkan potensi aplikasi Metode Certainty Factor dalam sistem pendukung keputusan untuk meningkatkan efektivitas intervensi stunting pada balita.