Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh sistem informasi akuntansi dan motivasi kerja terhadap kinerja pegawai pada Badan Pendapatan Daerah (Bapenda) Kota Kendari. Metode penelitian yang digunakan adalah kuantitatif dengan teknik analisis regresi linear berganda. Data diperoleh melalui kuesioner yang disebarkan kepada 50 responden yang memenuhi kriteria purposive sampling. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sistem informasi akuntansi dan motivasi kerja berpengaruh positif dan signifikan terhadap kinerja pegawai, baik secara parsial maupun simultan. Koefisien determinasi menunjukkan bahwa 58,3% variasi dalam kinerja pegawai dapat dijelaskan oleh kedua variabel bebas tersebut. Temuan ini mengindikasikan bahwa penguatan sistem informasi dan peningkatan motivasi kerja menjadi strategi efektif dalam meningkatkan kinerja pegawai di lingkungan birokrasi daerah.