Sinyal elektrokardiogram adalah sinyal bio-electrik yang dihasilkan dari aktifitas kelistrikan jantung. Informasi dari kondisi kesehatan jantung bisa diketahui dengan menganalisis bentuk, irama, durasi, maupun orientasi nya. Berbagai metode dikembangkan untuk melakukan analisis atau mengklasifikasi sinyal EKG secara otomatis. Beberapa diantaranya menggunakan metode transformasi untuk mengubah sinyal dari domain waktu ke domain sinyal yang lain. Pada penelitian ini digunakan Stockwell transform (S-transform) untuk mengubah sinyal dari domain waktu ke domain waktu-frekuensi. Nilai minimum dan maksimum dari pada deretan waktu dari S-transform digunakan sebagai masukan K-NN sebagai classifer. Akurasi dari penggunaan S-transform dibandingkan dengan akurasi penggunaan short-term Fourier transform (STFT) yang merupakan transormasi yang setara. Hasil pengujian menunjukkan akurasi S-transform lebih tinggi dibandingkan dengan FFT pada enam kelas data sinyal EKG yang diuji.