Penelitian ini bertujuan untuk   mengetahui dan menganalisa kewenangan pengadilan agama menjalankan mediasi sengketa perbankan syariah di kota Semarang. Perkembangan perbankan syariah cukup pesat beberapa tahun terakhir di Indonesia. Khusus berkaitan dengan lembaga perbankan syariah. Perkembangan ekonomi syariah yang semakin pesat di Indonesia memberikan implikasi hukum apabila ada sengketa antara para pihak dalam ekonomi syariah landasan hukum dalam penyelesaian sengketa perbankan syariah secara yuridis ada di dalam lingkungan Peradilan Agama. Penelitian ini merupakan penelitian pendekatan yang dipergunakan adalah yuridis normatife Jenis data yang dipergunakan adalah data primer dan data sekunder. Spesifikasi penelitian ini cenderung deskriptif analitis. Analisis data menggunakan analisis deduktif dan induktif. Hasil dari penelitian ini adalah perubahan   Undang-Undang no.3 tahun 2006 menjadi bertambah yaitu menyelesaikan sengketa ekomomi syari ah, sebagaimana tertuang dalam pasal 49. Penyelesaian sengketa ekonomi syari ah (perbankan syari ah) di Pengadilan Agama terdapat dua jalur pertama jalur perdamaian dan kedua jalur mediasi, para hakim pada sidang pertama mengupayakan perdamaian melalui mediasi sesuai dengan petunjuk PERMA No. 01 Tahun 2008. Beberapa permasalahan yang dihadapi melalui instrument non litigasi diantaranya adalah benturan antara model penyelesaian non litigasi di luar kewenangan Pengadilan Agama diantaranya adalah BASYARNAS, maka perlu diselesaikan melalui harmonisasi dan sinkronisasi peraturan perundang undangan, sehingga peran dan kewenangan Pengadilan Agama dapat dijalankan dengan baik