Berdasarkan hasil wawancara dengan guru biologi SMAN 5 Kota Magelang, diketahui bahwa kemampuan literasi sains dan pemahaman konsep siswa pada materi virus masih rendah. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis pengaruh penggunaan model pembelajaran Project Based Learning (PjBL) terhadap pemahaman konsep siswa pada materi virus dan menganalisis pengaruh penggunaan model pembelajaran project based learning terhadap literasi COVID-19 pada siswa. Metode penelitian yang digunakan yaitu quasi-experiment dengan desain pretest-posttest control group design. Sampel pada penelitian ini ditentukan dengan teknik random cluster yang terdiri dari 36 siswa kelas X MIPA 1 sebagai kelompok kontrol dan 36 siswa kelas X MIPA 2 sebagai kelompok eksperimen. Hasil penelitian ini memperoleh nilai rata-rata pretest sebesar 64,44 di kelas kontrol dan sebesar 54,58 di kelas eksperimen, sedangkan nilai rata-rata posttest sebesar 72,36 di kelas kontrol dan sebesar 82,36 di kelas eksperimen. Dimana dalam hal ini hasil rata-rata posttest di kelas X MIPA 2 lebih tinggi dibandingkan dengan hasil rata-rata nilai posttest di kelas X MIPA 1. Hasil analisis menggunakan uji Quade’s Rank Analysis of Covariance memperoleh nilai p = 0,002 dan hasil uji lanjutan menggunakan uji BNT memperoleh nilai p = 0,013. Hasil rata-rata angket literasi COVID-19 sebelum diberi perlakuan sebesar 78% di kelas kontrol dan sebesar 79% di kelas eksperimen, sedangkan setelah diberi perlakuan sebesar 80% di kelas kontrol dan sebesar 83% di kelas eksperimen. Berdasarkan hasil tersebut dapat disimpulkan bahwa terdapat pengaruh model pembelajaran PjBL terhadap pemahaman konsep siswa pada materi virus dan literasi COVID-19 pada siswa.