Indonesia memiliki kekayaan sumber daya alam khususnya sumber daya geologi berupa batu mulia. Salah satu daerah dengan kekayaan alam berupa batu akik (agate) adalah Kabupaten Timor Tengah Utara (TTU) Provinsi Nusa Tenggara Timur. Sisa kerajinan batu permata atau batu akik merupakan limbah yang dapat dimanfaatkan sebagai sumber silika. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pelarut terhadap struktur nanopartikel silika darii limbah batu akik. Metode penelitian ini yaitu isolasi silika diawali pencucian dengan HCl 4 M. Selanjut sintesis natrium silikat dengan penambahan NaOH 4 M, kemudian sintesis nanosilika menggunakan pelarut metanol dan etanol pada pH 12. Nanosilika dikarakterisasi dengan XRD, SEM-EDX, BET-SAA. Hasil penelitian menunjukkan pelarut metanol dan etanol berpengaruh terhadap struktur nanopartikel silika. Hasil analisis XRD nanosilika sintesis menggunakan pelarut metanol dan etanol menunjukkan silika gel berfasa amorf. Hasil analisis FTIR nanosilika sintesis menggunakan pelarut metanol dan etanol menunjukkan adanya gugus silanol dan siloksan. Morfologi nanosilika sintesis menggunakan pelarut metanol dan etanol diperoleh nanosilika ukuran partikel yang tidak homogen dan membentuk gumpalan (aglomerasi). Hasil analisis EDX nanosilika sintesis menggunakan pelarut metanol dan etanol mengandung unsur Si dan O. Hasil analisis BET nanosilika sintesis menggunakan pelarut metanol menunjukkan luas permukaan, ukuran pori dan volume pori masing-masing adalah 207,559 m²/g, 2,921 nm dan 0,303 cc/g. sedangkan nanosilika sintesis menggunakan pelarut etanol adalah 1,664 m²/g; 11,843 nm dan 0,0099 cc/g. Semakin polar palarut semakin besar luas permukaan dan volume pori. Sedangkan diameter pori semakin kecil. Mengacu aturan IUPAC silika gel hasil sintesis menggunakan pelarut metanol dan etanol diperoleh struktur pori berukuran mesopori.