Masa transisi pandemi covid-19 mendorong penggunaan sistem pembelajaran hybrid menggantikan sistem daring dimana siswa sekarang dibagi dalam dua tempat belajar yaitu dari rumah dan juga ada yang berada di kelas. SMA Tarakanita Magelang merupakan salah satu sekolah yang menerapkan sistem pembelajaran hybrid pada masa transisi. Kemampuan guru dalam memberikan metode yang efektif dalam masa pembelajaran hybrid akan menunjukkan kompetensi dari guru tersebut. Dalam memaksimalkan pembelajaran hybrid, guru ditawarkan metode Problem Based Learning berbantuan ThinkLink yang diasumsikan bahwa metode tersebut akan efektif bagi prestasi belajar siswa selama pembelajaran hybrid. Hasil Penelitian yang telah dilaksanakan menunjukkan bahwa rataan prestasi belajar kelas eksperimen mendapat 80,15 sedangkan kelas kontrol 73,45. Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan penerapan metode pembelajaran yang digunakan masih memiliki beberapa hambatan meskipun sudah efektif bagi prestasi belajar yang menunjukkan rataan kelas eksperimen lebih baik dan mendapatkan respon yang positif dari siswa di kelas, sehingga diharapkan metode Problem Based Learninng dapat diterapkan dan semakin dikembangkan oleh para tenaga pendidikan.