Tujuan dalam penulisan artikel ini adalah untuk menganalisis dasar pertimbangan hukum hakim MK dalam Putusan MK No. 47-81/PHPU.A-VII/2009 terkait dengan legitimasi sistem noken di Provinsi Papua, berserta implikasinya. Tujuan ini didasari kenyataan bahwa sistem pemilu di Indonesia dilaksanakan berdasarkan demokrasi Pancasila, dengan asas Luber-Jurdil, namun jika ada satu daerah yang melaksanakan berbeda dengan daerah lainnya, maka akan menimbulkan pro dan kontra di masyarakat, yaitu di Provinsi Papua, dengan menggunakan sistem noken, hingga berujung sengketa pemilu di Mahkamah Konstitusi. Metode yang dipergunakan adalah yuridis normatif, dengan analisis data kualitatif. Hasil analisa menunjukkan bahwa dasar pertimbangan hukum hakim konstitusi dalam Putusan MK No 47-81/PHPU.A-VII/2009 terkait dengan legitimasi sistem Noken Di Provinsi Papua merujuk pendapat Bagir Manan bahwa dalam setiap putusan, wajib mengandung unsur yuridis, sosiologis dan filosofis tidak terpenuhi, salah satunya adalah unsur yuridis, yaitu mengenai tata cara pelaksanaan pemilu dengan sistem Noken sebagai pengganti kotak suara dan pengambilan suara secara transparan dengan prosedur musyawarah dan kemudian menyerahkan segala putusan kepada kepala suku, tidak sesuai dengan sistem pemilu nasional yang tata caranya didasarkan pada Pasal 22E Ayat (1) UUD NRI Tahun 1945 yaitu Pemilu dilaksanakan secara Luber-Jurdil. Unsur sosiologis dapat terlihat pada kenyataan bahwa pemerintah memberikan perlindungan dan penghormatan sebagai daerah istemewa dan memberikan legitimasi sistem noken. Secara filosofis tercermin pada saat Mahkamah Konstitusi mengesampingkan peraturan tertulis demi menegakkan keadilan bagi masyarakat hukum adat yang masih hidup di wilayah pegunungan. Adapun implikasinya bahwa putusan MK, adalah sah dan bersifat erga omnes, sehingga secara nasional, akan tetap hidup dan berkembang di tengah-tengah masyarakat adat Papua.